Структура и штат УБУиФК утверждается ректором Университета по согласованию с начальником управления - главным бухгалтером, в зависимости от объемов работы и особенностей финансово-хозяйственной деятельности.
В структуру УБУиФК входят: операционный отдел (в т.ч. касса), отдел реализации, материальный отдел, расчетный отдел, отдел договорной работы. (Приложение 4).
Распределение обязанностей между отделами УБУиФК:
 Операционный отдел – ведение учета денежных средств по лицевым счетам в органах Федерального Казначейства и кассе, расчетов и платежных обязательств, выполнение кассовой дисциплины, расчетов с подотчетными лицами, недопущение дебиторской и кредиторской задолженности на счетах расчетов, осуществление раздельного учета доходов по видам деятельности;
 Отдел реализации – ведение расчетов с покупателями, обеспечение их документами, подтверждающими реализацию продукции, оказание услуг, выполнение работ, контроль над исполнением договоров, недопущение дебиторской и кредиторской задолженности на счетах расчетов, осуществление раздельного учета доходов по видам деятельности;
 Материальный отдел – ведение учета поступления и выбытия основных средств, товарно-материальных ценностей, расчетов с поставщиками, подрядчиками, недопущение дебиторской и кредиторской задолженности на счетах расчетов, осуществление раздельного учета расходов по видам деятельности;
 Расчетный отдел – ведение расчетов по заработной плате, пособиям и другим выплатам социального и стимулирующего характера, стипендии, учет удержаний, начисление НДФЛ, страховых взносов, ведение персонифицированного учета, учета совокупного дохода сотрудников университета, недопущение дебиторской и кредиторской задолженности на счетах расчетов, осуществление раздельного учета расходов по видам деятельности;
 Отдел договорной работы – ведение договорных обязательств, учета санкционирования расходов бюджетов, реестра принятых обязательств, осуществление раздельного учета расходов по видам деятельности.

УБУиФК в своей деятельности руководствуется действующим законодательством, Положением о бухгалтерском учете и отчетности в Российской Федерации, другими нормативными актами, утвержденными в установленном порядке, приказами, распоряжениями и указаниями ректора и Положением «Об Управлении бухгалтерского учета и финансового контроля ГОУ ВПО «Сыктывкарского государственного университета».